¿Afecta al valor de la empresa que dependa del dueño?

Sí, en el sentido de que un comprador valora lo que seguirá funcionando sin el vendedor. Si el negocio depende de ti, lo habitual es que te pidan quedarte durante la transición o que parte del precio dependa de resultados futuros. Tener procesos escritos, responsables claros y clientes atendidos por el equipo hace la empresa más fácil de entender y de traspasar.