¿Puedo tener partes del manual que no vea toda la plantilla?

Sí. Cada página tiene definido quién puede leerla. Puedes tener procesos de dirección, de administración o de personal visibles solo para esos puestos. La IA respeta esos permisos: cuando alguien le pregunta, solo busca en lo que esa persona tiene permiso para ver.